Habibie sinh ra ở Parepare, tỉnh Nam Sulawesi đến Alwi Abdul Jalil Habibie và R. A. Tuti Marini Puspowardojo. Cha của ông là một nông dân từ gốc Gorontalo và mẹ ông là một quý tộc người Java ở Yogyakarta. Cha mẹ anh ta gặp nhau khi đang học tại Bogor. Cha của Habibie qua đời khi mới 14 tuổi.